《办法》明确，设立农民专业合作社联合社，成员应为农民专业合作社且成员数在3个以上；应有符合《农民专业合作社法》《农民专业合作社登记管理条例》规定的章程、组织机构、成员出资、业务范围；可以与其成员使用同一住所。农民专业合作社联合社由其住所所在地的县（市、区）履行工商行政管理职责的部门登记。农民专业合作社联合社经登记机关依法登记，领取《农民专业合作社法人营业执照》，取得法人资格。农民专业合作社联合社的名称依次由行政区划、字号、行业、组织形式组成，组织形式应当标明“专业合作社联合社”字样，并符合国家有关名称登记管理规定。
《办法》指出，农民专业合作社联合社由住所所在地的县（市、区）履行工商行政管理职责的部门参照《农民专业合作社登记管理条例》等规定进行监督管理。农民专业合作社联合社秉承入社自愿、退社自由、成员地位平等的原则，实行民主管理。